Вычислительный анализ белковых последовательностей

Курс "Биоинформатика для биологов" призван снабдить будущих экспериментаторов необходимыми знаниями и умениями для первичного вычислительного анализа аминокислотных или нуклеотидных последовательностей. Как узнать все, что уже известно об интересующей последовательности и ее родственниках? Как предсказать свойства еще не изученных последовательностей? Как запустить, а затем осмыслить результаты самых популярных программ вычислительной биологии? Эти и другие вопросы будут занимать нас в течение семестра.

Лектор - к.б.н. И.И. Артамонова

Программа курса:

I. Базы данных и поиск информации

• Поиск информации:
      – PubMed – подробно, Google Scholar, Molbiol
• Белковые и нуклеотидные последовательности – поиск и хранение:
      - Swiss-Prot/UniProt – подробно; GeneBank – подробно, RefSeq, UniGene
• Анализ целых геномов на различных уровнях:
      – Вирусные и бактериальные геномы, Genome Browser – подробно, Ensemble

II. Биоинформатический анализ белковых последовательностей

• Поиск гомологов, первичный анализ, домены:
      – BLAST – подробно, InterPro - подробно
• Множественные выравнивания: ClustalW, TCoffee- подробно
• Филогенетический анализ: MEGA
• Структура белка: предсказания, PDB

III. Биоинформатический анализ нуклеиновых кислот

• Распознавание генов в нуклеотидных последовательностях
• Методы работы с РНК

IV. NGS – биоинформатические основы и основные методы

Рекомендуемая литература:

J.-M. Clаverie, “Bioinformatics for Dummies”, 2003, Wiley, John & Sons, Incorporated

Дополнительно:

Haubold & Wiehe, “Introduction to Computational Biology: an Evolutionary Approach”, Birkhäuser, 2006.