Кафедра биохимии биологического факультета МГУ
Главная » Наука »

Группа Протеомики

Группа занимается протеомными исследованиями и масс-спектрометрическим анализом, включая изучение бактериальных и вирусных белков, биомолекул в клеточных культурах и пост-трансляционных модификаций.

Основные научные направления

  1. протеомный анализ кондиционных сред клеточных культур с целью поиска биологически активных белковых молекул;
  2. качественный и полуколичественный анализ пост-трансляционных модификаций белков, участвующих в сигнальной трансдукции;
  3. количественный масс-спектрометрический анализ индивидуальных белков в сложных смесях; поиск новых протеаз и их субстратов.
Группа Протеомики

Руководитель

Клычников Олег Игоревич

Клычников Олег Игоревич

Старший научный сотрудник, кандидат биологических наук.
Комната:
139

139 комната

?

Состав группы

Должность ФИО
Руководитель группы к.б.н. О.И. Клычников
Магистранты В.Ю. Корчинская
Е.А. Еремеева

Основные достижения

1. Исследования по Clostridium difficile и открытие нового класса протеиназ

  • Обнаружен новый класс эндопротеиназ — пролин-пролиновые эндопротеиназы (PPEP), расщепляющих Pro-Pro связи.
  • Открыт второй представитель этого класса — PPEP-2 в бактерии Paenibacillus alvei.
  • Проведен анализ ферментативной активности PPEP-1 и PPEP-2, найдены оптимальные пептидные субстраты.
  • Решена кристаллическая структура PPEP-2.
  • Предложен молекулярный механизм, объясняющий различия в субстратной специфичности PPEP-1 и PPEP-2.
  • Выявлены природные белки-мишени для данных протеиназ.
  • Получены нокдаун- и комплементарные мутанты Clostridium difficile по PPEP-1.
  • Показана роль этих протеиназ в диссеминации бактерий и их возможное участие в патогенезе.

2. Исследования сортазной активности Clostridium difficile

  • Получен рекомбинантный белок CD2718 (предполагаемая сортаза).
  • Продемонстрирована транспептидазная активность CD2718 in vitro.
  • Установлена сортазная специфичность к мотиву (S/P)PXTG.
  • Показано, что диаминопимелиновая кислота может использоваться в качестве субстрата для транспептидации.

3. Сотрудничество с Институтом регенеративной медицины МГУ

  • Оптимизированы методы выделения и концентрирования экстраклеточных везикул (ЭВ) мезенхимальных стромальных клеток.
  • Проведен анализ секретируемых белков методом полуколичественной протеомики.

4. Исследования SARS-CoV-2

  • Изучено влияние посттрансляционных модификаций белков SARS-CoV-2 на образование межмолекулярных комплексов с белками клеток человека.

5. Исследования устойчивости картофеля к вирусу Y

  • Изучена роль изоформ фактора инициации трансляции eIF4E в восприимчивости картофеля к вирусу Y.
  • Разработана методика количественного анализа факторов инициации трансляции на клеточных лизатах.

6. Протеомный анализ в растениях

  • Проведен анализ кондиционных сред суспензионных культур растений.
  • Выявлены белковые и пептидные факторы, влияющие на рост и адаптацию клеток при периодической культивации.

Основные работы

  1. The Mechanism of SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein Recognition by the Human 14-3-3 Proteins. Tugaeva KV, Hawkins DEDP, Smith JLR, Bayfield OW, Ker DS, Sysoev AA, Klychnikov OI, Antson AA, Sluchanko NN. J Mol Biol. 2021 Apr 16;433(8):166875. doi: 10.1016/j.jmb.2021.166875. Epub 2021 Feb 5
  2. Discovery of a new Pro-Pro endopeptidase, PPEP-2, provides mechanistic insights into the differences in substrate specificity within the PPEP family. Klychnikov OI, Shamorkina TM, Weeks SD, van Leeuwen HC, Corver J, Drijfhout JW, van Veelen PA, Sluchanko NN, Strelkov SV, Hensbergen PJ. J Biol Chem. 2018 Jul 13;293(28):11154-11165. doi: 10.1074/jbc.RA118.003244. Epub 2018 May 23.
  3. Covalent attachment and Pro-Pro endopeptidase (PPEP-1)-mediated release of Clostridium difficile cell surface proteins involved in adhesion. Corver J, Cordo’ V, van Leeuwen HC, Klychnikov OI, Hensbergen PJ. Mol Microbiol. 2017 Sep;105(5):663-673. doi: 10.1111/mmi.13736. Epub 2017 Jul 4.
  4. A Novel Fic (Filamentation Induced by cAMP) Protein from Clostridium difficile Reveals an Inhibitory Motif-independent Adenylylation/AMPylation Mechanism. Dedic E, Alsarraf H, Welner DH, Østergaard O, Klychnikov OI, Hensbergen PJ, Corver J, van Leeuwen HC, Jørgensen R. J Biol Chem. 2016 Jun 17;291(25):13286-300. doi: 10.1074/jbc.M115.705491. Epub 2016 Apr 13.
  5. Differentiating samples and experimental protocols by direct comparison of tandem mass spectra. van der Plas-Duivesteijn SJ, Wulff T, Klychnikov O, Ohana D, Dalebout H, van Veelen PA, de Keijzer J, Nessen MA, van der Burgt YE, Deelder AM, Palmblad M. Rapid Commun Mass Spectrom. 2016 Mar 30;30(6):731-8. doi: 10.1002/rcm.7494.
  6. Clostridium difficile secreted Pro-Pro endopeptidase PPEP-1 (ZMP1/CD2830) modulates adhesion through cleavage of the collagen binding protein CD2831. Hensbergen PJ, Klychnikov OI, Bakker D, Dragan I, Kelly ML, Minton NP, Corver J, Kuijper EJ, Drijfhout JW, van Leeuwen HC. FEBS Lett. 2015 Dec 21;589(24 Pt B):3952-8. doi: 10.1016/j.febslet.2015.10.027. Epub 2015 Oct 29.
  7. Protein and small non-coding RNA-enriched extracellular vesicles are released by the pathogenic blood fluke Schistosoma mansoni. Nowacki FC, Swain MT, Klychnikov OI, Niazi U, Ivens A, Quintana JF, Hensbergen PJ, Hokke CH, Buck AH, Hoffmann KF. J Extracell Vesicles. 2015 Oct 5;4:28665. doi: 10.3402/jev.v4.28665. eCollection 2015.